Die an horizontalen Linien und Formen orientierte Gestaltung des Fahrzeugs setzt sich im Interieur fort. Die Armaturentafel beherbergt ein 12,3 Zoll großes Navigations-Display und ein weiteres
7-Zoll-Display direkt vor dem Fahrer, die zum größten Monitor zusammenwachsen, den es je in einem Hyundai Modell gegeben hat – er überspannt mehr als die Hälfte des Armaturenbretts. Während die digitalen Instrumente die Anzeige unter anderem von Geschwindigkeit, Tankfüllstand, Fahreffizienz und Assistenzsystemen übernehmen und je nach Fahrmodus ihre Farbe ändern, verfügt der rechte Bildschirm über eine neue Split-Screen-Funktion. Navigationsanweisungen, Konnektivitäts- und Infotainment-Features sowie Informationen über die Arbeitsweise des Antriebssystems können so entweder jeweils allein oder gleichzeitig angezeigt werden. Dazu gehören beispielsweise Energiefluss, CO2-Einsparung und diverse Zustandsparameter der Wasserstofftanks. Völlig neu ist die von Smartphones und Tablets bekannte Zoom-Funktion im Navigationsmodus: Soll der Kartenausschnitt verkleinert oder vergrößert werden, reicht es, während der Berührung des Touchscreens zwei Finger aufeinander zu- oder auseinander zu bewegen.

Während der Fahrer mittels Schaltpaddeln am Lenkrad die Rekuperation der Batterien steuern kann, zeichnet eine erstmals bei Hyundai eingesetzte Technik das Instrumentendisplay aus: Dort wird, wenn beim Fahrspurwechsel der Blinker gesetzt wird, das Bild der Außenspiegelkameras eingeblendet. So ist für den Fahrer sofort zu erkennen, wenn sich ein anderes Fahrzeug im toten Winkel befindet. Die Monitoranzeige des aktiven Totwinkelassistenten ist im optionalen Premium-Paket enthalten.

Dank der im Hyundai Nexo verwendeten Shift-by-Wire-Technik finden sich althergebrachte Bedienungselemente wie Schalt- oder Handbremshebel nicht mehr an Bord. Stattdessen werden die Einstufenautomatik und die Parkbremse per Knopfdruck bedient. Die Bedientasten dafür und die Steuerelemente für Audio- und Klimaanlage finden sich auf einer neuartigen Mittelkonsole, die sich wie eine Brücke zwischen den Vordersitzen erhebt. Auf ihr wurde auch der zentrale Dreh-/ Drück-Steller positioniert, der neben dem berührungsempfindlichen Bildschirm die Bedienung des Navigations- und Fahrerinformationssystems übernimmt. Die optisch frei schwebende Mittelkonsole ermöglicht es aber auch, zusätzlichen Stauraum für persönliche Dinge zu schaffen. In einem großen Fach unterhalb finden sich außerdem zwei USB-Ladeanschlüsse sowie eine Smartphone-Ablage mit kabelloser Ladefunktion nach dem Qi-Standard.

So futuristisch und zukunftsweisend die Kommandozentrale des Nexo ausgefallen ist, so breit gefächert ist der Einsatz umweltfreundlicher und recycelter Materialien. Aus der Natur gewonnene Stoffe finden sich an zahlreichen Stellen. Die Teppiche zum Beispiel enthalten Zuckerrohrfasern, in den Türinnenverkleidungen, Sitzen und Dachsäulenverkleidungen wurde zusätzlich Mais verarbeitet. Auch die im Innenraum verwendeten Farben und Lacke enthalten Bio-Stoffe – vor allem Öle aus Raps und Soja zählen zu den Bestandteilen.

Beim Platzangebot reiht er sich ebenso wie mit seiner Außenlänge von 4,67 Meter zwischen den konventionell angetriebenen Brüdern Tucson und Santa Fe ein, bietet so jede Menge Bewegungsfreiheit für bis zu fünf Insassen. Zudem sorgt der im Vergleich zum ix35 Fuel Cell um 150 Millimeter auf 2,79 Meter verlängerte Radstand dafür, dass der Hyundai Nexo mehr Platz im Innenraum bietet als jedes andere aktuelle Brennstoffzellenfahrzeug. Für Transportutensilien und Reisegepäck stehen im komplett ebenen Kofferraum 461 Liter Ladevolumen zur Verfügung, die sich dank der umlegbaren Rücksitzlehnen im Handumdrehen auf 1.466 Liter vergrößern lassen.